买彩票祷告:博客文章

如何確定對接口袋?

在一般的分子對接計算中,一個不可或缺的步驟是定義配體分子(通常為有機小分子)的結合位置,即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構,口袋內就有一個配體,它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構,我們該如何確定對接口袋呢?更一般地,對于核酸、多肽以及主客體中的主體分子,又該如何定義對接口袋呢?

對接口袋這個概念存在于分子對接計算中,是受體中配體結合的可能區域。通過設定足夠大的盒子把口袋囊括起來來告知對接程序它的位置。如果對接口袋被設定在真正的活性結合位點上,則有更大概率找到配體正確的活性構象與結合模式。對接口袋,顧名思義,通常呈口袋狀(開口小、肚子大、能容納一定體積的分子結構),也有其他形狀,比如管道狀、凹槽狀和淺洼狀,而以口袋形狀最為典型。對于蛋白-配體復合物而言,大且深的疏水性空腔對于配體結合至關重要。對于蛋白結構,這一特點便成為各種算法尋找對接口袋/識別結合位點的重要依據和原則。

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微信學術交流群之聊天記錄(2)

以下是小殷整理的聊天記錄。

預測蛋白相互作用的軟件

A:想請問一下預測兩個蛋白之間的相互作用有什么方法嗎?

殷賦科技:用蛋白-蛋白對接方法。蛋白-蛋白對接有好多軟件都可以做,比如ZDOCK(Discovery Studio里邊也整合了這個軟件)、Hex、Rosetta。我們平臺將來也會上線這個功能。

B:請問一下大家,做分子對接是怎么收費的呀?

殷賦科技:平臺分子對接收費標準在這里://www.gcynso.com.cn/platform

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微信學術交流群之聊天記錄(1)

以下內容來自殷賦學術交流群,由小殷收集整理,希望對大家有所幫助。

虛擬篩選相關

A:問一下,貴公司有沒有關于虛擬篩選的在線培訓課程?

小殷?:沒有呢。不過今年平臺會上線虛擬篩選功能,屆時會針對此功能進行免費培訓。

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蛋白-小分子對接

?1.項目說明

采用分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式(圖1)。

圖1.化合物1的化學結構

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高質量PyMOL作圖教程

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前言

上一期,小編教大家使用殷賦云計算平臺(//cloud.www.gcynso.com.cn)重現了一篇2018年文獻《【文獻重現】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結合模式研究》的分子對接計算結果。然而,要發表高質量SCI文章,還需要制作高質量的Figure。本期,我將帶大家使用PyMOL軟件(搭配Photoshop、MS Powerpoint)繪制D715-2441與PB2cap的結合模式圖。

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PyMOL及其插件安裝教程

在微信公眾號(殷賦科技)首頁回復“pymol”,即可獲得以下軟件、插件的百度云分享鏈接。

安裝PyMOL軟件

PyMOL軟件是一款用Python語言開發的開源的分子三維結構顯示軟件,被廣泛運用于科學研究與教育領域。它由Warren Lyford DeLano開發,現由Schrodinger公司提供技術支持。

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【文獻重現】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結合模式研究

 

【前言】

從本期起,小編將帶領大家使用殷賦云計算平臺(//cloud.yinfotek.com/)來做一系列計算“文章”。這一期咱們來重現一篇2018年文獻[1]的計算結果,看看作者是如何運用分子對接技術來闡明機理、升華文章的。該文獻影響因子4.6,是典型的“實驗+計算”模式,比較接近大多數科研人員的研究現狀,只要熟悉這種模式,稍加努力即可發表同等水平的論文。

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蛋白質晶體結構與藥物發現(5)

蛋白質晶體數據的收集:

蛋白質晶體平均含有50%的溶劑,如果暴露于空氣中,它們會干燥并分解。此外,當在室溫下暴露于高強度X射線時,由于輻射損傷,它們會非??燜俚厥パ萇淠芰?。為了延長晶體使用壽命和改善數據質量,X射線測量現在通常在80-110 K下進行。晶體首先安裝在10-20微米尼龍環上,然后浸入液氮中快速冷凍。為了防止形成冰晶,通常有必要向周圍的母液中加入冷凍?;ぜ寥綹視?,低分子量聚乙二醇或高鹽。

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蛋白質晶體結構與藥物發現(4)

蛋白質 – 配體復合物的結晶

在藥物設計中,蛋白質晶體學的一個重要方向是測定蛋白質—配體復合物的晶體結構。如果配體是相對較小的分子,通??梢醞ü緩信涮宓牡鞍字式菰諍信涮宓哪敢褐欣椿竦酶春銜锏木褰峁?。蛋白質晶體中含有溶劑通道,通常足夠大,允許配體擴散到其結合位點。浸泡實驗需要的化合物很少(1 μmol化合物通常足夠),但化合物在結晶條件下的溶解度通常是一個問題。

由于晶體的高蛋白質含量特性,通常要求配體濃度在0.5-5.0 mM范圍內。經典的浸泡實驗方案一般使用在合適的有機溶劑(如二甲基亞砜)中制備濃縮的(50-100 mM)配體母液。然后將該溶液與結晶緩沖液混合成最終濃度高達5%的溶劑,并將幾微升該混合溶劑加入到蛋白結晶液中(如下圖所示)。

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蛋白質晶體結構與藥物發現(3)

蛋白質晶體學基本原理和方法

1、什么是蛋白質晶體?

與其他有機或無機化合物晶體結構一樣,蛋白質晶體結構是由相同的蛋白質分子或蛋白質分子復合物在空間中有序排列,從而構成的規則的3D陣列(如下圖所示)。根據蛋白質晶體結構排列的對稱性,晶體中的所有分子相對于晶格具有有限數量的獨特取向。蛋白分子通過在晶格中的有序排列,將單個分子的衍射值疊加,最終獲得足以測量的衍射強度,其中晶格起到放大器的作用。

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