冀彩宝买彩票可靠吗:博客文章

如何選擇蛋白晶體結構

在使用殷賦云計算平臺的時候,有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。

1. 確定蛋白種屬

在實驗當中,研究人員通常使用動物模型(如小鼠)來研究人源蛋白。這樣做有許多原因,比如:

1) 無法獲得(提純分離)人源蛋白;

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有關UCSF DOCK6、AUTODOCK 與AUTODOCK VINA對接準確率的探討

 

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A:有沒有關于主流對接軟件的橫評的綜述啊,我看很多CNS級別的文章也在引用autodock還有vina,對接的準確與否一般是怎么定義的呢?

殷賦科技:這樣的文章(文獻)有很多,到pubmed搜一下就有了。之前群里有人發了一篇文章,說到vina的準確率比dock6高。我對此持懷疑態度。我只憑經驗判斷,沒有重現過人家的結果,也沒有去仔細研究人家的研究過程。

有兩個方面,我認為dock6更好:

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分子對接打分與生物活性的關系

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A:一般虛擬篩選的小分子結合能低,docking分數很不錯但實際活性不好是什么原因?反之如果活性好的,一定結合的好嗎?

B:docking分數好,結合能也不錯,這和活性沒有關系?;钚院?,也不一定就結合的特別好,還要考慮結合質量,還有假陽性的情況。最好測酶活以及Ki(Kd)。

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共價化合物的分子對接

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A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?

B:薛定諤有,covalent docking。

A:有沒有用過,結果可有價值?

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怎么確定小分子與蛋白的活性位點

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A:對接的時候,小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候,活性位點有很多,是選擇什么樣的位點對接呢?

B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系,再選擇合適位點。

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如何提高虛擬篩選準確性?

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A:怎么提高虛擬篩選準確性?目前我已經對自己建立的3000多分子庫做完對接了,現在想找可靠的分子。目前想到的方法是看有沒有和關鍵氨基酸成鍵,然后統計,但是我覺得樣本量太大了,如果聚類再挑選也同樣面臨這個問題。

B:寫代碼呀。不過也可以借助lewater來判斷??蒲峽⒄咝垂桓黿壇?。ledock的虛擬篩選教程。

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分析相互作用的時候,范得華力和靜電力哪個更主導

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A:打擾一下,有做過藥效團的大佬么,做藥效團測試集的時候,怎么找一些陰性對照的小分子呢,一般是怎么個經驗?

B:我是從drugbank和pubmed一些藥物數據庫里找的。

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分子對接后還可以調整側鏈方向嗎

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A:請問分子對接后還可以調整側鏈方向嗎?

殷賦科技:調整氨基酸側鏈?可以的啊,用你熟悉的軟件,比如MOE,調整后對該氨基酸殘基和附近若干受影響的殘基(以及配體,如果配體有參與的話)進行能量優化,其余部分保持固定。

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如何處理金屬離子與配體之間的配位鍵?

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A:請教大家一個問題:在做對接模擬的過程中蛋白活性中心存在重要金屬離子與配體之間的配位鍵相互作用,這個時候配位鍵應該如何處理?

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配體處理的時候,是加全氫還是極性氫?

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A:請教一個問題,配體處理的時候,是加全氫還是極性氫?感覺結果差距還挺大。

殷賦科技:先加全氫,再加電荷,再能量優化,再根據對接軟件要求,生成相應的格式,vina要求配體是只含極性氫的pdbqt格式(電荷無所謂),DOCK6要求全氫帶電荷的mol2格式。

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