手机买彩票正规软件:微信學術交流群之聊天記錄(1)

微信學術交流群之聊天記錄(1)

以下內容來自殷賦學術交流群,由小殷收集整理,希望對大家有所幫助。

虛擬篩選相關

A:問一下,貴公司有沒有關于虛擬篩選的在線培訓課程?

小殷?:沒有呢。不過今年平臺會上線虛擬篩選功能,屆時會針對此功能進行免費培訓。

A?:哦哦,之前看過公眾號的教程,哈哈哈,但是想系統學一下如何選擇和使用分子庫。

殷賦科技?: 分子庫大多使用商業庫,主要看你們經費條件。盡量選擇結構多樣性良好的庫?;銜錕饣剮枰幌盜兇邢傅拇?,包括:結構檢查、加氫(質子化)、加電荷、能量優化。我們會在平臺上提供這項功能。

如果有版權,可以用MOE來處理,先wash,再minimize?;蛘吣閌滯酚釁淥砑?,也可以使用,Sybyl、DS這些軟件都有完善的工具。我們是使用免費開源的編程庫來編寫程序的,這方面恐怕難以傳授。最好使用我們的平臺,它是我們多年的技術經驗的積累。

A?:謝謝啊,我參考你們的教程和paper,可以做現有單個化合物模擬(模仿),但是還不太懂選擇庫,好的 ,很期待。

殷賦科技?: 你說的是兩件事吧,一個是使用分子對接預測結合模式,另一個是虛擬篩選。前者不用選庫啊,而是你指定若干個化合物,最好經過實驗驗證的。后者也是根據需要去挑選,比如想篩選有機小分子的,可以選Specs、ChemDiv、Enamine等庫。

B:第一個是反向篩靶的是么?就是指定化合物篩選其靶標?

殷賦科技:不是啊,也不是正向篩選,就是對某些感興趣的化合物進行分子對接,去了解他們在蛋白口袋中的結合模式(方式)和相互作用情況。

如果對編程感興趣,我們也可以教授一些基礎,用來處理日常工作。建議學習Linux和Python。

A:好的,我對編程感興趣,但是它對我不感興趣,我先等平臺吧。

殷賦科技: Python很好學,當年我花了一個晚上就看完這篇《A byte of python》(建議學Python3):https://python.swaroopch.com/,我能學會,大家都可以。

云計算平臺

D:目前云平臺可以進行什么分析,是免費的嗎?還是如何收費的?

小殷:目前可做分子對接的vina與dock6方案,注冊會送2張計算券。dock6方案80元/個分子,vina60元/個分子。

C:vina和dock6差別大么?

殷賦科技: 不同對接算法,打分也不同。

D:目前有分子動力學模擬的項目嗎?

小殷:打算今年開發。

D:這個的價格大概會在多少錢?

小殷: 還沒推出的功能,暫時還沒定價。不過相對人工服務,還是非常便宜的。

E:請問貴公司分子動力學的算法適用于DNA的模擬嗎?

殷賦科技:? 動力學是調用GROMACS等開源免費軟件,我們是在此基礎上進行加工和拓展。GROMACS有適用于DNA的力場(Amber ff99SB等力場),非常適合用來模擬DNA。

ECD圖譜制作

F:張老師,問你個專業問題,用SpecDis怎么對多個化合物的ECD圖譜進行比較呢?還是需要用其它軟件?

殷賦科技:這個過程需要操作的東西比較多,待我細細道來:

假設有3個構象,gaussian計算結果文件為a-1.log、a-2.log、a-3.log。步驟如下:

1、建立3個文件夾,如1、2、3,將log文件分別放進去;

2、使用SpecDis的Tools,分別提取heat和spectra。此時,得到了新的文件夾heat和spectra;

3、將heat文件夾中的*.heat文件復制到spectra文件夾中;

4、使用SpecDis中的sum spectra,選擇spectra文件夾中的三個*.cd.bil文件,點擊Start,即得到復合曲線(玻爾茲曼平均圖譜)。

然后就是一般的比較過程了,我們會在平臺上實現此功能,到時候就不需要如此麻煩的操作了。

F:怎么對多個化合物,比如手性拆分后的對應異構體的測量圖譜和計算圖譜放在一個圖里面呢?

我現在就一步計算一個文件夾,之前請教過您這個問題。

我用這個只會比較一個擬合圖譜和測量圖譜,能不能對比多個擬合圖譜和測量圖譜?

殷賦科技:不建議用SpecDis來做圖,可以把圖譜數據導出來,用Excel或者其他軟件來做。

F:我也想過用Excel作圖,但是紫外校正和sigma值的調整怎么實現呢?

殷賦科技:點擊右下角Plot settings,修改一下命名,比如:

殷賦科技:然后回到主界面,點擊右下角plot PNG。就會得到xy文件了。注意:這些文件需要校正,所以,你要記下來計算曲線對應的UV-Shift值和scaling factor值。在Excel作圖的時候,就將計算曲線的橫坐標±Shift值,縱坐標×或÷scaling factor值。

F:我記得是不是還有一個sigma值,就是調整峰款的寬?

殷賦科技:sigma已經用上了,你在SpecDis上看到的曲線就是sigma的結果。

F:那個EXCEL里怎么實現?

殷賦科技:所以,不用再Excel里使用sigma。

G:那么計算出來譜圖縱坐標和實測譜圖的Mdeg縱坐標,是什么關系?

F:這個問題我還沒弄明白,還是請張老師回答吧。

殷賦科技:我們忽略縱坐標單位就好,因為做了scaling嘛,計算曲線縱坐標的絕對值已經沒有意義了。

F:反正我看文獻里面寫啥單位的都有。

殷賦科技:實驗是啥單位,圖譜就啥單位。

G:噢,那就是只要趨勢一樣,就行了吧?

F:對對,就是這樣,我曾經用PS把一個圖譜里的譜線復制到了另一個圖譜里,對齊坐標,現在想想真傻。

H:計算ECD怎么收費?

殷賦科技:現在人工服務4000起,等平臺上上線了自助計算方案,就便宜了,不過還沒定價格。

G:張老師,我還有一個問題,就是有的文獻里計算一個,再把結果鏡像一個(偷懶了)。但是有的文獻把一對對映異構體都算了,最后ecd譜圖還不是成鏡像的?這是什么導致的?

殷賦科技: 偷懶的方法是肯定對稱,真正去算對映異構體的話,因為構象搜索不如量化計算那么精確,甚至如果你用的是隨機算法,產生構象就不對稱了,所以結果有偏差也不足為奇。

G:那就是偷懶的方法-做個鏡像,可能和理論更相符點。實際計算還可能有誤差?

殷賦科技:如果確定構型判斷沒問題,就用偷懶的方法來做圖。

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