nba怎么买彩票:配體處理的時候,是加全氫還是極性氫?

配體處理的時候,是加全氫還是極性氫?

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A:請教一個問題,配體處理的時候,是加全氫還是極性氫?感覺結果差距還挺大。

殷賦科技:先加全氫,再加電荷,再能量優化,再根據對接軟件要求,生成相應的格式,vina要求配體是只含極性氫的pdbqt格式(電荷無所謂),DOCK6要求全氫帶電荷的mol2格式。

A:感謝感謝!好細致的回答。

殷賦科技:這些步驟,在我們計算平臺上會自動完成,就算你沒勾選加氫選項,只要檢查到配體缺少H,也會自動加上。

B:用計算平臺對接完成后,系統會給出1-4個相互作用的結果,這這結果如何確定哪種結合方式是最好的呢?

殷賦科技:對接一般產生多個pose,第一個pose是打分上最好的,如果什么都不管,只看打分,那么,這個pose就是你要選擇的。

但是,只看打分是比較粗糙的方式,尤其是vina方案,打分不是很靠譜,dock6是比較靠譜的(個人經驗);基本上,選擇dock6對接結果的第一個pose來分析就可以了。

然后,針對選擇的pose,它與蛋白口袋的氨基酸殘基有多種相互作用,這些作用都應該分析,不需要“選擇”。

怎樣算比較好的結合方式(模式)?配體分子在形狀(和靜電分布)上與口袋吻合(互補)、有較多相互作用,其中,疏水作用是普遍存在的,氫鍵應當有1-4個(視乎分子的具體情況而言),如果還有其他相互作用(比如文獻指出的關鍵作用、關鍵殘基)。

注意,氫鍵個數沒有標準,這里1-4個只是常見情況而已。

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A各位老師,我想請問一下,共價結合的小分子配體,可以算其進出蛋白的能量變化,并分配到每個氨基酸殘基上嗎?

B:分配到每個氨基酸殘基不是分解自由能得出的嗎?共價的話可以嗎?

C:什么軟件呢?

A:用MD直接跑出來的呢,沒有經過對接。

C:gmz可以指定不同的indexgroup,用gmx內置的能量分解即可?

A:老師這樣分析出來的能量能夠分配到每個氨基酸上面嗎?

A:會不會共價作用或許強大,把其他相互作用掩蓋住?

C:你單獨指定每個氨基酸試試?具體我也沒試過哦。

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A:有做ECD的嗎?想請教一下有沒有相關的教程?

殷賦科技:

ECD的計算流程:

1、構象搜索(軟件:比如Spartan;力?。篗MFF94)

2、幾何優化(軟件:Gaussian,理論方法:B3LYP/6-311G(d,p))

3、激發態計算(軟件:Gaussian,理論方法:同上)

4、圖譜擬合(軟件:SpecDis或GaussView)

需要掌握上述軟件和方法,一般需要在Linux系統中操作,因此還需要掌握基本的Linux命令。

A:有沒有詳細一點的教程,現在純粹白癡一個。

殷賦科技:我們預計11月上線ECD/NMR計算方案,到時候會有教程。

B:求問ECD計算構象搜尋后,是需要把得到的所有構象進行幾何優化然后計算比例嗎?

殷賦科技:是啊。

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A:如何比較多個配體與目標蛋白的結合能力?

B:大家做對接之前配體都是怎么準備的呀?

C:軟件的配體??櫓苯幼急?。

B:比如薛定諤有ligprep macromodel confgen 用哪一個?

C:如果只是做普通的對接的話ligprep就可以了。

D:有大環結構考慮下面。

C:不過用ligprep做完也要觀察一下結構,有可能會生成一些奇怪的結構,比如在吡啶氮上加了個質子。

D:?共價對接可以柔性對接嗎??沒有ligand的蛋白感覺口袋不好。

E:autodock可以做共價對接嗎?

殷賦科技:共價對接想了解什么?autodock可以做啊,在它官網有文章介紹。

D:如果有ligand的最后對接的pose結果很不錯。但是如果蛋白里面沒有ligand。對接就很奇怪。有沒有能柔性對接的方法或是讓蛋白打開一口袋呢?

殷賦科技:共價對接可以用autodock4,之前群里討論也有其他推薦,可以找下記錄。我一般不做共價對接,要做也是先搞清楚機理,然后先做非共價對接,獲得合適的結合取向后,再手動連接反應位點,再優化之。如果按照我的方法,那么一般的對接軟件就可以啦。

C:maestro里面的covalent docking采用的應該是共價對接后優化。正如你所說,沒有ligand的口袋可能沒張開,可能對接結果不如人意。我一般先做非共價對接,再跑md把讓配受體結構相適應,再做共價對接。如果想簡便點就做柔性的非共價對接后再做共價對接。

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A:modeller建完模之后評分89,還能再繼續讓它變得更好嗎?

殷賦科技:modeller的高級技巧都用上了嗎?

殷賦科技:最重要的一個是loop環優化,全部在modeller教程里了。

B:?loop優化大概需要多少時間啊?

殷賦科技:?這個不應該以時間為標準吧。

B:我每次做一個需要24小時以上。

A:?謝謝了,這個教程能分享一份嗎,或者哪兒可以下載到。

殷賦科技:modeller官網。。。

B:只有10個左右的氨基酸。

殷賦科技:那就沒法用它,也不必用它,用amber從序列生成三維結構,然后跑動力學就好了,amber官網教程有。