在法国如何买彩票:分子對接后還可以調整側鏈方向嗎

分子對接后還可以調整側鏈方向嗎

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A:請問分子對接后還可以調整側鏈方向嗎?

殷賦科技:調整氨基酸側鏈?可以的啊,用你熟悉的軟件,比如MOE,調整后對該氨基酸殘基和附近若干受影響的殘基(以及配體,如果配體有參與的話)進行能量優化,其余部分保持固定。

A:這個是模擬后的結果,但是我覺得天冬氨酸殘基應該偏向鈣離子。

下面是手動調整之后的側鏈擺向,這樣之后還需要繼續模擬是嗎?

殷賦科技:這個天冬氨酸應該是跟鈣離子形成配位鍵的吧,在對接之前就應該把這部分弄好。調整后怎么做,我上面說了方法。

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A:分子對接大分子和蛋白,兩者之間以何種化學鍵結合更好?激動劑和抑制劑的要求不一樣吧?

殷賦科技:兩者以何種化學鍵結合更好,這個問題無解。要先搞清楚激動劑和抑制劑的機理,有時候它們可能是同一個位點、是競爭關系,有時候是不同位點(別構位點)。這個不能在計算上給出答案,只能通過實驗研究去了解機理,但是,計算可以協助解釋(比如做分子動力學模擬,研究激動劑和抑制劑/拮抗劑的結合模式區別)。所以,基本上,脫離了實際情況,這個問題無解。

A:哦謝謝張老師,我之前做了小分子與一個疾病的靶點的對接,大多是以范德華力和氫鍵結合,是與蛋白殘基結合越多越好還是?不太懂,張老師能都推薦一些資料。

殷賦科技:結合越多,打分通常是越好的,但未必實際的生物活性越好,因為打分跟生物活性的相關性不大。一般的作用力都是疏水作用和氫鍵。如果足夠好(打分好、結合模式好),就可以考慮做實驗驗證了。參考資料:《如何合理對待分子對接結果》。

B:請問從大分子和小分子對接出來的結果,怎么樣才能知道相互之間是什么作用力呢?比如怎么知道哪個是氫鍵或者疏水或者靜電作用力。

殷賦科技:你用什么軟件做的?商業軟件一般都有工具可以顯示相互作用,我們平臺可以做對接,做完就有相互作用分析,作用力類型是最全面的。

B:Autodock。

殷賦科技:那就用DS來顯示吧。我推薦用我們平臺的Dock6方案,計算準確,分析功能齊全,作用力圖可以直接下載下來發文章,又或者按照這篇文章用pymol來做圖。

C:張老師,如何能夠快速有效的保留關鍵氨基酸殘基?因為受體太大了,我想把不太關緊的去處,但是方法不得當,經常刪到有效的殘基。

殷賦科技:經常刪到有效殘基,難道你要操作很多不同的蛋白么?不是的話,那我懷疑是操作問題。用DS、MOE之類的軟件,將要?;さ牟謝∩?,然后反選?;蛘哂夢頤瞧教?,在定義受體的時候可以選擇你要保留的殘基作為受體那部分,或者干脆就給程序自己去處理,它會以口袋中心為中心,刪掉30A以外的殘基,這樣保證蛋白不太大,但避免“傷及無辜”。而對接后用來分析的蛋白,依然是完整的蛋白。

C:謝謝,我再試一下平臺。

D:有哪位老師知道如何在pymol中給配體顯示電子云密度?

E:你是說xray的電子密度圖嗎?還是分子軌道理論里的電子出現的概率: 概率密度?

D:不是,自己設計的小分子對接到蛋白里,就a圖里的樣子。

E:這個是單晶xray實驗數據,在rcsb上有下載鏈接,這個不是計算出來的。

F:@D選中配體,show mesh。

3

A:薛定諤分子對接軟件。如何批量修改導入分子的名字?

B:用EditPlus(共享)或者CrimsonEditor(開源/免費)這樣的文本編輯軟件。

Edit菜單下,有類似Find in files之類的功能,也就是對某目錄下的多個文件的內容進行“查找、修改”。

一般是用于編程時,改變某個變量的名稱,這個名稱往往分布在多個源代碼文件中。

如果是簡單的“替換”,那還比較容易。

如果類似您這種情況,那還要用到“正則表達式”

————

有個取巧的辦法:

即把

# Name: 1

替換為

# Name: m1

———–

話說回來,用文本編輯器,修改200個文件的內容,手工操作,10分鐘而已。

殷賦科技:@A這個問題還是籠統,舉例說明從怎樣修改成怎樣才能幫到你。

A:@殷賦科技?sdf導入的名字都一樣。后面查找的時候有點亂。希望能夠在這里或是導入前改變下名字。

殷賦科技:這個名字是分子的內部名,修改下就可以了,那你想改成什么?簡單的編號1、2、3?還是其他名字?只要是有規律的,用Linux命令、python腳本都可以辦到。

導入前是什么格式的文件?sdf和mol2文件格式不同,分子名的位置不同。

A: ?sdf,在sdf文件里面標柱或是不標注都沒有用,用chembiodraw畫出來的。

殷賦科技:你是畫出來保存為sdf,然后再導入薛定諤吧,你可以改一下幾個名字,看看有沒有影響。是不是這些名字是文件名?

A:對的。我在結構下面標注名字沒有用。

殷賦科技:那你可以將各分子分裂出來,成為一個一個文件,每個文件給予不同的編號。

A:我試試。主要是自己設計出的分子上千。

殷賦科技:用Linux命令。

A:目前還沒有用過命令。

殷賦科技:假設文件名是test.sdf,里面包含1000個一下的分子(即兩位數)。

分割成每個文件的格式為split-*.sdf,*是數字編號,比如split-0.sdf, split-1.sdf。

那么,Linux命令是:csplit test.sdf /\\$/+1 {*} -n2 -f split -b “-%d.sdf”。

產生的結果是,第一個分子是split-0.sdf,第二個是split-1.sdf,以此類推,最后一個文件是空文件,可以刪掉。

注意命令中的空格和符號,不熟悉命令的人容易出錯。

4

A:有一條多肽,被拆分成兩段,然后在體內通過實驗方式讓拆分的兩段靠近,并正常行使功能。有做過類似實驗的嗎?原文是利用tn7轉坐插入的方式,篩選了幾個候選位點,我的問題是有沒有一種通過預測的方式提前確定多肽有哪些可以拆分的點?

殷賦科技:如果知道它的靶標(蛋白),可以做對接、動力學,找到有關鍵作用的“點”。

A:意思是切割多肽與配體結合的活性位點?

殷賦科技:將多肽與靶標蛋白對接,看看它是怎么結合的,確定多肽上關鍵的點。

A:一直不太會看受體配體結合的圖怎么分析,怎么確定關鍵點,憑經驗嗎,有沒有相關教程可以推薦一下呢。

殷賦科技:用我們平臺就可以了,對接完就有相互作用分析,會顯示出有哪些作用力。

A:有受體配體結合的圖,不知道怎么確定關鍵點,剛接觸不久。

殷賦科技:也可以用DS來顯示,但沒有我們平臺顯示得全面。有相互作用的地方就是關鍵的點咯。你都有結合圖了,用DS顯示一下不就好了,主要看氫鍵吧。這個它能顯示出來。

A:多問一句,pymol能不能達到同樣的展示效果。

殷賦科技:pymol可以顯示氫鍵。

B:@A 蛋白質的環重排。

A:一般像抗有可變區,發生基因重排,能簡單解釋一下蛋白質的環重排是什么意思[email protected]跟找蛋白質序列拆分位點有什么關系,或者有類似文獻可以推薦一下。

B:我是說你的改造思路有點像環重排,你可以搜一下有人將熒光蛋白拆分后,兩個片段重新在體內靠近時還會發熒光。

A:嗯,是的,這個了解,現在是在想通過預測的方式找多肽的拆分位點,然后去驗證,兩個片段空間上靠近也能行使功能。

B:有結構的話你試試在loop區域切割。我沒見過類似的預測方法,要么依靠直覺,要么依靠隨機重排。

A:熒光蛋白確實拆分的比較多,有許多這樣的專利。

B:如果是簡單的環化是有一些算法與數據庫,具體你要查一下。

A:好的,我再去查一查,謝謝。