在淘宝网买彩票安全吗:分析相互作用的時候,范得華力和靜電力哪個更主導

分析相互作用的時候,范得華力和靜電力哪個更主導

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A:打擾一下,有做過藥效團的大佬么,做藥效團測試集的時候,怎么找一些陰性對照的小分子呢,一般是怎么個經驗?

B:我是從drugbank和pubmed一些藥物數據庫里找的。

A:怎么確定無活性的呢?

我看到的都是基于經驗,認為那些分子無活性,所以就拿來做測試,有點迷糊,不清楚這個經驗……

C:chembl或pubchem,ic50,ec50,ki,kd值來,比如ic50>10000nM。這個多大算沒有活性,要看具體的情況。

A:噢,還是根據這些數據來的!非常感謝!

C:hERG建模,一般認為40uM或以上沒有活性。

A:請問一下,分析相互作用的時候,范得華力和靜電力,這個,區別和貢獻是怎樣的呢?哪個更主導呢?

C:力場給出數值,你可以看到一清二楚。

A:謝謝大佬,我的意思是,從概念上來講,在分析的時候,這兩種力,應該怎么看待呢?

C:?你將相互作用能的函數寫出來,其中?;ぞ駁纈敕兜祿?,一般你不會關心分項具體數值是多少,你關心總的能量。

A:受教。

 

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A:請問,在用DOCK6.9虛擬篩選的時候,用chimera準備小分子文件。文件過大,怎么辦?有沒有命令的方式?加氫,加電荷?

殷賦科技:用openbabel加MMFF94電荷也可以?;蛘哂胏himera的命令行工具:antechamber。

A:chimera可以在不打開文件的情況下執行?

殷賦科技:用Chimera的命令行工具,在Linux下運行。

B:DNA雙螺旋結構預測有網站嗎?

殷賦科技:DNA有多長?

B:上百堿基吧。

殷賦科技:試試這個,//unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/DNA-Folding-Form。

 

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A:我想問一下這兩張圖片,連接鍵一個四個,一個兩個,能說明什么問題嗎?

殷賦科技:可能作用力多的那個體系,結合力比較強吧。

A:這分子對接結果和做實驗得出來的結果相反啊!

B:具體這個多了的作用力是好是壞,得另外再分析。

C:VAL482的作用是什么搞清楚點。

A:就是一個氨基酸殘基啊。

C:他們結合的氨基酸不一樣啊,這方面解釋合理就行了。

A:同一個蛋白質,不同的小分子配體。本來是想看能不能通過分子對接,比較一下它們之間的作用力??墑欽夥腫傭越詠峁臀彝ü笛樽齔隼吹慕峁孟襝嚳吹?。

B:我不同意結果相反的這個說法。有作用力就一定是好的么?這個本來就是輔助,如果通過這個分析不出來,就換方法唄。

A:我不知道啊,我都不知道這作用力代表什么意思。

B:所以呀,要么你就搞清楚各個力對蛋白的影響,要么就換方法。這些方法的目的本來也是要輔助解釋實驗現象。

A:不同氨基酸和小分子的作用力?這個怎么搞清楚啊?

B:看作用力對蛋白的結構變化,是好是壞,你得需要加上另外的方法,文獻里面找吧,方法文獻是肯定有不少,對你那個體系沒報道很正常了。