彩客网上可以买彩票了:共價化合物的分子對接

共價化合物的分子對接

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A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?

B:薛定諤有,covalent docking。

A:有沒有用過,結果可有價值?

B:我有替實驗室師兄做過一次,挺大的天然產物去對接,全塞進腔里了,感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點,以及化合物的反應基團及類型,比如邁克爾加成。

殷賦科技:@A 你要針對少數化合物進行對接還是大批量對接?處理方式可以不同。少量的話,就可以重點研究每一個對接構象,批量的話,就不好一個一個看了。

針對少量化合物,我就用Dock6來做非共價對接,然后再挑選合適的Pose,手動連接形成共價復合物。

A:通過分子對接的方法,能不能判斷與蛋白是否可以形成共價結合呢?

B:分子對接無法實現反應過程,能否形成還是得參考文獻。

殷賦科技:共價結合的基礎是合適的構象、反應部位靠近,部分反應需要水分子、金屬離子或輔酶的參與。按照這個前提條件去過濾,可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的,做QM/MM或者直接上實驗吧。

盡管常規的分子對接無法實現反應過程,但可以幫助我們pass掉不能形成共價結合的分子。

 

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A:蛋白質配體復合物下載后,怎么分析各種化學鍵?有哪些網站免費可以用?

B:化學鍵最好人工分析,主要通過原子之間的幾何關系和原子性質去判斷,不同軟件之間定義鍵的標準都是有一些區別的。

C:簡單軟件MOE可以分析,pymol自身也有分析功能。具體在網上應該是可以找到相關教程的,或者查文獻看看別人是如何做分析化學鍵的,但還是需要綜合自己判斷,確認、分析、增補。

D:pdb官網,提供晶體的ligand interaction。具體見預覽圖下方的3D view>Ligand interaction,基本夠用??梢緣髡嵌?,位置,查看/隱藏鍵的類型。

 

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A:請教下,有沒有可以把兩段蛋白(pdb)直接脫水縮合拼在一起的軟件?

B:我之前用過一個笨方法,modeller多模板同源建模,把拼接的序列寫進fasta,指定兩個晶體結構就能做出來,但是需要優化,評分不是很好。

殷賦科技:如果脫水縮合的地方在空間上是緊挨著能夠成建的,直接手動改下pdb文件,把兩鏈改成一條鏈,或者用MOE合并鏈。

C:請問,怎么計算B-factor,用DS和薛定諤可以計算嗎?

D:B-factor可以直接從晶體結構里面提取。