权当买彩票:微信學術交流群之聊天記錄(5)

微信學術交流群之聊天記錄(5)

 

靶標預測

A:有什么簡單的方法可以通過化合物的結構式預測該化合物可能的藥理毒理作用么,比如抗腫瘤,抗炎,抗神經等等。

B:反向找靶。

A:那就復雜咯,想簡單點,然后去做細胞實驗驗證。想著是不是可以通過計算機來預測哈子。

C:反向對接。

D:直接做激酶譜不就行了。

E:多糖類藥物可以做這個激酶譜嗎?

F:激酶譜 一次2、3萬。

A:你這花費也太高了,都不知道有啥作用呢。

E:那它出來的效果很好嗎?還是效果不一定好。

A:多糖類?我接觸到的客戶多糖類的,好像做炎癥的偏多。

G:多肽類的呢?

E:多糖類做炎癥的是很多。

G:多糖抗菌性唄。

H:不知道有啥用,為啥要合成呢。

I:他是不是先試試有沒有毒比較靠譜,如果毒性大直接放棄吧!

A:我聽說可以通過計算機分析出化合物的藥理與毒理,還有成藥性等。具體實驗啥的,可以后面做嘛,先預測,后驗證。

J:或者試試靶點預測。

K:先比較下結構相似性,看看可能有啥活性。

C:先從成藥性考查一下?

H:我覺得結構相似性這個方向可行。

E:結構相似性怎么做啊?

C:我記得有些什么定律,能判斷一個化合物適不適合做藥。

L:藥物相似性和OB么?

M:類藥物五原則,分子相似度。

N:藥是沒有規律的,偉大的藥是上天的恩賜,有可能這話很難聽。但是做學術研究還是可以的。

C:也是,植物中稀奇古怪的次級代謝物有些都是活性很好的藥。

C:Swisstarget也行。

O:我自己靶標預測的經驗,是多用幾個預測系統,選擇重復的靶標進行實驗驗證。

P:如果一個化合物或者兩種化合物,利用殷賦科技的AI計算技術,可以預測作用及靶點,非常有價値。

殷賦科技: 想不到這個問題這么多人關注哈。

O:大家都有化合物,不知道如何選擇靶標吧,我也用了swisstarget。

Q:大神們,swissmodel建出來的模型也可以發sci的嗎?

殷賦科技:光建模嗎?

N:什么是靶點?

Q:?還有實驗!但我感覺swissmodle也太不準了吧。

殷賦科技:那就可以發啊。感覺不準的依據是?

殷賦科技:同源性足夠高,覆蓋范圍足夠長,應該還好吧。結合蛋白的功能以及相關實驗信息(比如定點突變)的提示,選擇“正確”的模型。

分子對接常用軟件

A:請教前輩們一個問題:DS、MOE、Autodock、schrodinger?這四個軟件,哪一個用來做分子對接接更好一點?

殷賦科技:薛定諤沒用過,我推薦用Dock6。

B:薛定諤挺準的,不過操作不友好。

A:那發文章啥的,用哪個合適,感覺schrodinger界面更精致。

殷賦科技:你用什么軟件做計算,就用什么寫文章,不過要注意,商業軟件需要有版權。

A:那就貌似用autodock不用有版權吧。

C:我覺得花錢的好。

殷賦科技:autodock 引用文獻就好。

A:花錢是挺好,但是沒有錢呢!

殷賦科技:這些商業軟件當然貴了,大多數功能??槎際怯貌蛔諾?。你們還在糾結這個問題,用dock6啊,免費又準確。

虛擬篩選費用

E:這兩天用vina篩一個二十多萬的分子庫,費了一個多星期,不知道算不算正常?

E:28核CPU。

殷賦科技 :正常

F:假設是22萬化合物,那么你的篩選速度相當于每核心每化合物1.3分鐘。對vina來講正常了。但是,你可以租賃計算機,一臺機器一周7天大約500元。你用7個節點,500元一天搞定。14個節點,500元,半天搞定。

殷賦科技:求推薦。

F :廣州超算中心,就是貴一倍1000元也值。

E:這么計算,確實很值得,看來現如今計算資源才是王道啊。

殷賦科技:用起來吧!高效地發文章。

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