买彩票祷告:微信學術交流群之聊天記錄(8)

微信學術交流群之聊天記錄(8)

 

CoMFA模型

A:請問建立的CoMFA模型q方為0.558以及以下的統計結果能否說明該模型具有較好的擬合能力。

做了很多次了F值都是小于100,SEE也不接近0,怎么調整訓練集和測試集里的化合物才能建成功一個模型呢?我都是隨機的一直試的。

殷賦科技:訓練集R2要達到0.95,q2≥0.5,測試集R2要達到0.6,y=kx+b中的k要接近1。

調整ECD圖譜字體

B:各位老師,最近用OriginPro9-64軟件擬合ECD圖譜時出現了如下圖所示問題,誰能幫忙解答一下,怎么調回去,多謝了!!

殷賦科技:對各個要素一點一點調咯,坐標字體太大,就雙擊坐標文字,慢慢改吧。

B:就是哪里出了問題點哪里嗎?最后怎么應用于所有文檔。

殷賦科技:不知道當初你是怎么做出來的。如果沒法撤銷,就只能耐心調咯。

B:組里有人不知道碰了哪里。明白了,我試一下。

殷賦科技:圖不多吧?逐一修改就好啦。

B:不算多,就是怕以后增添了不少步驟,我調調看。

殷賦科技:嗯,我不知道怎樣應用到各個文檔??純雌淥擻忻揮邪旆?/p>

C:Origin可以右鍵,copy format-all,然后paste format。

B:?嗯嗯,收到,正在嘗試。現在改善了好多。

Pymol的插件(getbox plugin)問題

D: 各位大神想問下分子對接Pymol的插件getbox plugin是怎么下載的呢?謝謝!

殷賦科技:pymol不是做分子對接的,不知道你所說的getbox插件是什么,可以到cn.bing.com搜一下,或者到pymol wiki搜下?;蛘哂夢頤塹募撲閆教?//www.gcynso.com.cn/platform),就不會有這些問題了。

E:https://github.com/MengwuXiao/Getbox-PyMOL-Plugin。

金屬配合物的構象搜索

F:請問各位老師,做金屬配合物的構象搜索,計算用spartan做不了金屬配合物的。有沒有其他方法?謝謝。

G:金屬配合物不需要構象搜索,用高斯優化完就好了。

F:這樣?手型中心是沒有,配位的。配位在其他地方也可以?

F:因為算了一個構象是反的。

G:本來就不準確,算構象作用不大,不如養晶體。

F: 不是。是因為有一大批類似的化合物要合成。這樣子,就可以不用再養單晶了。

G:我暫時沒有看到金屬配過物有構象搜索。我指的是發文章的,因為本來就不是太準確。

殷賦科技:@[email protected]?對金屬配合物進行構象搜索時,實際上是對配位中心以外的部分進行搜索,跟一般構象搜索無異。我沒有用過spartan,不知道它對金屬配合物進行構象搜索時產生什么問題。要想深入了解以便找到解決辦法,需要詳細描述問題,最好截圖+給出分子結構。否則只是紙上談兵。如果不用Spartan,可以用MOE、Sybyl等商業軟件,或者用Openbabel、RDKit等免費工具。操作中可能需要特別處理,比如將配位鍵改為單鍵連接,以便保持配位中心的構象。

F:結構是類似這種的。

殷賦科技:顯然,這是四配位,如果Spartan處理不了,可以將Co改為C,構象搜索完,再將C改回來變為Co。因為對稱性的緣故,產生的構象不會很多。

不知道你為什么要做構象搜索,它的優勢構象應該是對稱性最好的時候,所以,大多數情況下根本不需要做構象搜索。

設置zinc數據里面wget的path

J:求教一下群里各位大神,zinc數據里面wget的path怎么設置啊?我下來了,然后mol2文件怎么用在moe或者sybyl里面呢?

殷賦科技:用到moe時,需要先創建mdb文件,再import進來。moe手冊的get started部分要看。sybyl直接打開文件,會讓你保存為mdb文件的。兩個軟件都叫mdb格式,但不是一回事。

J:謝謝您的指點,zinc數據庫里一個mol2里面那么多分子可以一次性導到moe的mdb文件里面嗎?

殷賦科技:可以啊,但是,實在太多,分開為好。萬一崩潰了呢?

J:要是想分開怎么辦呢?怎么能變成單個的mol2分子呢?

殷賦科技:沒用過replacefragment,估計是要用三維結構吧,smiles格式是0緯或1維(不清楚怎么定義,總之不是3維)。

殷賦科技:mol2文件也好,sdf文件,pdb等等格式,文件格式都是一個分子一個分子地前后連接。那你可以用Linux命令csplit去劃分。自己摸索下吧。不想用命令,可以用ds來拆分。

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