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案例分享:分子對接項目分析報告(主客體分子)

1.項目說明

研究主題分子β-環糊精(β-CD)與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。

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案例分享:分子對接項目分析報告(G-四鏈體)

1.項目說明

采用分子對接技術研究配體分子1 與受體端粒DNA 的結合模式(圖1)。

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雷公藤甲素與GSK-3β蛋白分子對接研究

  為提高傳統化學治療的功效,研究者們采用一種“順鉑-雷公藤甲素”(cisplatin-triptolide)聯合用藥方案。事實證明,該方法是有效的,但具體的作用機制卻不甚明了。臨床上觀察到雷公藤甲素會增強順鉑誘導的泌尿道上皮癌癥細胞的細胞毒性。文獻[1]報道指出,雷公藤甲素是通過調控PKC-GSK3β軸來達到這一效果的。但雷公藤甲素與GSK3β之間是否存在相互作用,它們之間的結合模式又是怎樣的呢?

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ECD計算輔助鳶尾醛類化合物絕對構型確證

  研究者通過提純分離技術從鳶尾花(Iris tectorum)的根莖中獲得了四個具有從未報道過的α-松油醇結構的鳶尾醛類(iridals)化合物A-D。使用HRESIMS、UV、IR和NMR技術等一系列技術,研究者們確認了化合物的化學結構,又根據NOESY譜,進一步確定其相對構型。然而,由于化合物包含了太多手性中心,通過文獻報道的X衍射分析、化學降解、生物合成通路分析以及改進的Mosher方法,研究者們僅確定了大多數手性中心的絕對構型。而針對該全新α-松油醇結構的X射線衍射晶體測定實驗不成功,C16和C23兩個手性中心的絕對構型就成了謎團。為此,研究者們求助于量化計算電子圓二色譜(ECD)與實驗數值的比較分析[1]。

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HDAC家族蛋白抑制劑多策略虛擬篩選

  組蛋白去乙?;福╤istone deacetylase,HDAC)是一類蛋白酶,對染色體的結構修飾和基因表達調控發揮著重要的作用。組蛋白去乙?;敢種萍粒╤istone deacetylase inhibitors,HDACi)通過增加細胞內組蛋白的乙?;潭?,提高 p21等基因的表達水平等途徑,抑制腫瘤細胞的增殖,誘導細胞分化和(或)凋亡。組蛋白去乙?;敢種萍烈殉晌琢靄邢蛑瘟頻難芯啃氯鵲?,其對腫瘤細胞遷移、侵襲、轉移的抑制作用和抗腫瘤血管生成作用也被證實。

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黃酮類化合物抑制Aβ42構象變換機理研究

  實驗證明,黃酮類化合物可結合在Amyloid-β42(Aβ42)上從而抑制Aβ42的聚集。然而,它的抑制機理卻仍舊是個謎團。實際上,要從實驗上獲得精細的結論通常需要付出極大的代價,甚至有時候是難以達到的。為此,我們的技術顧問與同事另辟蹊徑,采用了分子動力學方法,模擬了黃酮類化合物抑制Aβ42的動態過程,從原子水平上成功地闡明了其抑制機理[1]。

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