周四买彩票算是当期吗:分子對接服務

分子對接
Molecular Docking
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哪些平台可以买彩票 www.gcynso.com.cn   分子對接(molecular docking)是一種基于結構的藥物設計方法,通過研究小分子配體與受體生物大分子相互作用,預測其結合模式和親和力。分子對接方法在酶學研究及藥物設計領域有著廣泛的應用。

自1982年加利福尼亞州立大學舊金山分校Kuntz小組開發第一個分子對接軟件DOCK(目前版本為6.7)至今,科學家已經發展出各種各樣的理論模型和對接算法,最為重要的理論模型與對應的對接方法有:

1. 鎖鑰模型(lock-and-key),剛性對接(rigid docking);
2. 誘導契合模型(induced-fit),柔性對接(flexible docking)和半柔性對接(semi-flexible docking);
3. 構象系綜模型(conformation ensemble),系綜對接(ensemble docking)。

  分子對接的本質是兩個或多個分子之間的識別過程,涉及分子之間的空間匹配和能量匹配。對接軟件將小分子放在靶標分子的活性位點處,通過不斷優化受體化合物的位置、構象、分子內部可旋轉鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側鏈和骨架, 尋找受體小分子化合物與靶標大分子作用的最佳構象,并預測其結合模式和親和力。

Autodock Vina和DOCK6是兩個廣泛應用的開源免費分子對接軟件,有著相當高的準確性。盡管如此,進行準確的分子對接計算仍需謹慎。由于生物大分子與小分子的識別過程相當復雜,研究者不可忽視對研究體系的充分了解,比如,熱點殘基和關鍵相互作用的識別,口袋內水分子的去留,金屬離子的處理。同時,實驗測得的生物大分子三維結構常常包含各種各樣的問題,比如精度過低、原子缺失。這些都將嚴重影響分子對接結果的準確性。因此,對接前處理顯得尤其重要。大量研究表明,對于與共結晶配體分子結構差異較大的化合物,或者受體口袋空間較大(或較?。┗蛉嶁越洗蟮奶逑?,采取默認參數與操作經?;岬玫攪釗聳慕峁?。常見的情況是,同一骨架的衍生物結合模式理應相仿,卻得到取向各異的構象;按照對接打分進行排序,活性較好的化合物排序靠后,活性較差的化合物排序靠前。另外,計算機的運算性能也是制約大規模分子對接的因素之一。這些情況下,都需要加入更多經驗指導或進行特殊處理。

我們采用分子對接方法,主要進行以下兩方面的研究:

  • 結合模式預測

????研究/預測活性小分子與生物大分子之間的相互作用,了解其作用機制。

  • 高通量虛擬篩選

????從化學數據庫中快速找到具有潛在活性的小分子,節省實驗成本,提高命中率。

  若條件允許,前者需考察對接軟件(方法)的結合構象重現能力(reproducibility),即進行重對接(re-dock)或稱自身對接(self-dock),后者則需要考察篩選性能,包括富集率、擬合優度。只有經過嚴謹科學的處理,才能確保簡單的對接過程得到準確的計算結果。

  分子對接的基本流程為

workflow

  1. 對接前結構準備,包括:受體結構與小分子化合物(庫);
  2. 分子對接計算,包括:構象搜索和打分評價;
  3. 結果分析,包括:對接構象或苗頭化合物挑選、結合模式分析、打分情況和作用力分析;等等。

殷賦科技在分子對接研究方面有相當豐富的實踐經驗和核心技術,為廣大科研工作者提供高效高質量的技術服務,歡迎垂詢!