投注点怎么买彩票:蛋白質結構預測(同源模建)服務

蛋白質結構預測(同源模建)
Protein Structure Prediction (Homology Modeling)
乳酸脫氫酶

哪些平台可以买彩票 www.gcynso.com.cn 近年來,結構生物學的迅猛發展,為研究和理解蛋白的生物學功能提供了結構基礎。一般而言,蛋白質三維結構主要以實驗方法測定,例如X-射線衍射法(X-ray crystallography)或NMR光譜法(nuclear magnetic resonance spectroscopy)。事實上,技術上的困難使得蛋白質三維結構測定的速度相當緩慢,并且由于諸多原因,一些蛋白的三維結構至今仍難以得知。借助計算機模擬技術,科學家們發展出一系列預測方法。其中,最為重要的一種技術即同源模建。

同源模建(homology modeling),是根據模板蛋白將一級序列轉成3D結構的技術總稱,是當前最有效的蛋白質三維結構預測方法,因其簡單高效且準確性高而被廣泛采用。根據同源蛋白質三維結構的保守性超過蛋白質序列的理論,在蛋白質序列一致性(identity)大于30%的前提下,未知結構的蛋白質可利用一個或多個與之相關的結構來構建其三維結構。

采用同源模建技術構建目標蛋白的三維結構,可幫助研究人員深入理解目標蛋白的構效關系,為基于結構的理性藥物設計、蛋白功能研究、蛋白工程研究提供有力支持。

  同源模建的基本流程為

  • 序列搜索(query),獲得已知結構的同源蛋白作為模板蛋白;
  • 多重序列比對(multiple sequence alignment),確定同源蛋白的結構保守區(SCRs)和相應的框架結構(framework);
  • 構建目標蛋白的三維結構,包括主鏈、側鏈和環區建模,通常采用拷貝骨架、構建側鏈、補全缺失殘基和優化環區等方法(通常需要反復調試);
  • 能量最小化(energy minimization)(通常是反復迭代的過程);
  • 結構合理性評估(evaluation)。

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