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CADD計算平臺1.0教程

云計算平臺入口//cloud.www.gcynso.com.cn

1.背景

 

本教程以絲氨酸/蘇氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 為例,演示如何使用“殷賦科技 Dock6 計算平臺”(以下簡稱“本平臺”)進行蛋白-配體結合模式預測。

 

所用蛋白晶體結構為野生型 B-Raf(以下簡稱“蛋白”)和抑制劑 BAY43-9006(以下簡稱“小分子”)的復合物。通過本平臺將小分子對接到 B-Raf 的口袋中,采用 RMSD 計算比較小分子的預測結構與晶體構象的差異,采用相互作用分析研究蛋白-小分子的結合模式。

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生物醫藥計算工具

分子對接(Molecular Docking)

AutoDock://autodock.scripps.edu/

AutoDock Vina://vina.scripps.edu/index.html

DOCK6://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm

分子動力學(Molecular Dynamics)

Amber://ambermd.org/

Gromacs://www.gromacs.org/

NAMD://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

可視化(Visualization)

Pymol://www.pymol.org/

Chimera://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

VMD://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

其它

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